cron はジョブをスケジュール通りに実行するのが特徴ですが anacron は少し違います。anacron では指定したスケジュール時間に加え、「ランダム時間」 をプラスしてジョブを実行します。また cron では1日に何回でもジョブを実行させられますが、anacron では1日に 最高でも1回 しかジョブを実行させられません。
こうみると anacron のメリットを感じられないかもしれませんが、こういった仕組みによって cron では実現できない 「ジョブを実行し損ねた際のジョブ再実行」 が可能になります (cron でも厳密には実現できるでしょうが、余計なスクリプトを組む手間を省くといった意味が含まれます)。