writeされたデータがメモリ上に持ったままでよいサイズというのが innodb_log_file_size。そしてまだディスクにフラッシュされていないデータ(dirty page)のサイズが Checkpoint Age になる。innodb_log_file_sizeというサイズを増やすとこのサイズが増えていく。ログファイルが小さいと、不要なディスク書込みが多数発生します。
ログの情報についてはinnodbのstatusで見ることができます。
--- LOG --- Log sequence number 9542414 Log flushed up to 9542414 Pages flushed up to 9542414 Last checkpoint at 9542405 # 最後にチェックポイントが行われたバイト数 0 pending log flushes, 0 pending chkp writes 10 log i/o's done, 0.00 log i/o's/second
フラッシュ間隔が結構曲者で調べていると新目のMySQLになるにつれてけっこう更新が入っているらしく追っていくのは大変そうだなと感じ。